Empezó a ser construido en el año 1501, encima de una antigua iglesia dedicada a Santa Maria de Bethlem (Belém). Para ocupar-se del monasterio, el rey Manuel I escogió a los monjes de la orden de St. Jerónimo, el trabajo de los cuales fueron de rogar por el alma del rey y ofrecer una guía espiritual a los marineros y navegantes que embancaban desde la playa de Restelo para descubrir nuevos mundos. La fachada principal del edificio tiene 300 metros de largo y fue construida por Lioz Limestone, es popularmente considerado como la joya del estilo “Manueline” y un símbolo de la época de oro de los descubrimientos marítimos portugueses. Manueline es un estilo de decoración típicamente portugués.